Szeged első ferences kolostora 1301-ben Árpád-házi Szent Erzsébet tiszteletére épült fel a város „Palánknak” nevezett részében, melyet azonban a törökök 1541-ben leromboltak. A 15. században egy másik kolostor épült az obszervánsok számára. A hagyomány szerint ezt a kolostort maga Mátyás király alapította 1469-ben, az építkezés befejezését viszont már a hívek adományából fedezték. A templomépület felszentelésére 1503-ban került sor.
A törökök a rendház épületét 1526-ban felégették, de a hívek kérésére 1531-ben mégis engedélyezték annak felújítását. Az épületegyüttes mai formájában a következő évszázadban épült a jótevők adományaiból. A ferencesek sokat dolgoztak a török megszállás alatt. A plébániai feladatokat nemcsak a városban, hanem annak környékén is ellátták. Ennek köszönhető, hogy a nép megőrizte katolikus hitét. A csanádi püspök 1648-ban Jászberényi Gáspárt, a kolostor házfőnökét általános helynökévé nevezte ki. Ettől fogva 50 éven át a szegedi házfőnök gyakorolta a csanádi egyházmegyében a helynöki feladatokat.
A 19. század végétől az épület állagának megóvásához egyre nagyobb figyelmet kellett fordítani az épület talajvíztől való védelmére. Az elmúlt 100 évben erre többféle kísérlet született. A templom berendezését a pécsi asztalos testvérek 1937-ben teljesen felújították, majd ezt követően 1947-ben a kolostor egy része is megújult.
1950-től a lelkipásztori feladatokat a Szeged-Csanádi Egyházmegye papjai látták el, az épület nagy részében pedig szociális otthon működött. A testvérek 1989 őszén települtek ismét vissza a városba. Ezt követően indult meg az épületegyüttes felújítása, mely még napjainkra sem fejeződött be. A plébániai feladatok ellátásán túl 1991–2014 ig a kolostor növendékházként is működött.