A gótikus templom elődje a Szent Péter Árpád-kori ispotálytemplom. A Havas Boldogasszony-templomot 15. század második felében kezdték el építeni. A templom több periódusban épült fel.
Az első periódus a 13. század eleji Szent Péter-templom késő román stílusú épületének teljes újjáépítése. A második építési időszakként egy 14. század közepi háromhajós csarnoktemplom feltételezhető, amely valószínűleg a Szent Péter-templom falainak felhasználásával épült. Ezt a támpillérek nélküli épületet erősítették meg támpillérekkel a 15. század közepén. A harmadik építési periódus a 15–16. század fordulóján lévő nagyszabású átalakítás, amikor a ferencesek a régi kórust és a szentélyt lebontották, és a helyére egy nagyobbat építettek. Ezzel egy időben indult meg a torony építése is, és épült meg a sekrestye. Ekkor a hajót újraboltozták. A hajó ablakaiba késő gótikus rácsok kerültek. Az építést 1503-ban fejezték be, amelyet a hajó főpárkánya alatt mindkét oldalon egy-egy kőtáblás felirat jelzi. 1509. augusztus 5-én szentelték fel a templomot a – római Santa Maria Maggiore nyomán – Havas Boldogasszony tiszteletére. Ekkor van a templom búcsúnapja.
A török hódoltság alatt nem volt könnyű a templom és a kolostor karbantartása. A török vallási okokból nem engedte új templom és kolostor építését, sem a régiek kibővítését. A barátok csak engedéllyel tudtak javításokat végezni a templomon, amelyet csak úgy kaptak meg, ha a templomot és a kolostort nem építik tovább és a régi alapnak megfelelően javítják ki. Az engedélyekért jelentős díjakat, pénzajándékokat kellett fizetni. Ennek ellenére az alsóvárosi templom volt a török birodalom legszebb keresztény temploma egy 17. századbeli feljegyzés szerint.
A hódoltság idején, 1624-ben történt a legnagyobb építkezés, amikor új mennyezetet építettek. 1643-ban restaurálták a templomot és a főoltárt, majd pár évvel később a kolostort is rendbe hozták. A 17. század második felében nagyobb felújítási munkálatok voltak. A templom teljes megújítása a következő századra maradt.
A török kiűzése (1686) után a kolostor hanyatlott, de nem néptelenedett el. II. József betiltotta a rendet, de nem hosszú időre.
A szegedi barokk világnak alighanem legnagyobb művészi teljesítménye az alsóvárosi templom rekonstrukciója. Itt lényegében nem kerül sor építészeti stílusváltásra, csak toronnyal és új rendházzal való kiegészítésre. A templom külsején – az új főkaputól eltekintve – semmit sem változtattak. A templom belső berendezése teljesen a barokk ízlést tükrözi.
A tornyot már a középkorban elkezdték építeni, de csak a barokk időkben fejezték be. A templomtorony 1783-ban, a sisakja csak 1827-ben lett készen. A keresztelőkápolnává átalakított toronyalj falfestményeit 1948–49-ben készítette Kontuly Béla. Ezek témái: Isten lelke a vizek felett, Mózes vizet fakaszt a kősziklából, Jézus megkeresztelkedése, és Az egyház térítő munkája.
2003-ban lett 500 éves a Havas Boldogasszony-templom. Vízkeresztkor egyéves ünnepségsorozat vette kezdetét, melyet Gyulay Endre szeged–csanádi megyés püspök nyitott meg szentmise keretében. A szentmisén Mádl Ferenc köztársasági elnök és felesége, Dalma asszony is részt vett. A rendház templom melletti folyosóján és a sekrestyében kiállítást szerveztek.
A templom megrepedt nagyharangját, a Paprikaharangot 2005. július 9-én a hívek adományából újra cserélték. A Bálint Sándor néprajzkutatóról elnevezett 750 kg súlyú, fiszre hangolt harangot Gyulay Endre szeged–csanádi megyés püspök áldotta meg.